汉灵帝赞扬蔡邕“博学深奥，退食在公”，蔡邕受到感召，随即上书陈述自己的看法。

蔡邕指出灾害频现的异象是上天对汉灵帝的警示，想要化解，汉灵帝就不能轻信妇人和佞臣的谗言。,w?d-s-h,u`c^h·e.n·g,.\c￠o/m~

在奏折中，他弹劾了太尉张颢、光禄勋玮璋、长水校尉赵玹、屯骑校尉盖升等人贪赃枉法，同时又举荐了廷尉郭禧、光禄大夫桥玄、前任太尉刘宠等善于谋划之人，认为汉灵帝可以向他们咨议朝政。

汉灵帝看了蔡邕的奏章后感慨不已，起身如厕；中常侍曹节趁此机会偷看了奏章，并将内容透露给其他官员；那些被蔡邕弹劾的官员得知后，全都对他侧目而视，伺机报复。

中常侍程璜很快差人写了匿名信诬告蔡邕。程璜知道蔡邕与司徒刘郃不睦已久，就声称蔡邕是因有私事请托刘邰不成，公报私仇，故意中伤刘邰。

蔡邕很快以假公抱怨，诬害大臣的大不赦之罪被捕下狱，并被判处死刑。

中常侍吕强怜悯蔡邕无罪，上书为其求情。汉灵帝爱惜蔡邕之才，于是也降诏免其死罪，但是蔡邕和他的家人也就此被流放到了北方。

流放途中，中常侍程璜女婿，酷吏阳球还派出刺客追杀蔡邕，不过刺客被蔡邕的忠义所感动，不忍下手，蔡邕才免于一死。

阳球不肯善罢甘休，又贿赂当地官员，要求毒杀蔡邕。受赂的人反而把消息告诉了蔡邕，要他提高警惕。蔡邕再次逃过一劫，此后他定居五原郡安阳县

蔡邕在东观担任郎中时，曾与卢植、韩说等人修撰《后汉记》，遭到流放时，书稿还没来得及完成。

蔡邕因此上书汉灵帝，奏明他所著的《汉记十意》，并将这《十篇》按条目分好，附录在奏章的后面。

汉灵帝爱怜蔡邕的才学，又适逢第二年天下大赦，便宽宥了蔡邕，准许他从流放地回到家乡。蔡邕自从流放到被赦免，前后历时九个月。

蔡邕将要启程还乡之际，五原郡太守王智为他践行。席间，王智起身歌舞助兴，座下的蔡邕却对他的示好之举无动于衷。

王智是中常侍王甫的弟弟，素来性情骄傲，蔡邕的举动让他觉得在宾客面前颜面尽失，便怒骂蔡邕轻视自己，蔡邕拂袖而去。

王智怀恨在心，随即密报朝廷，诬陷蔡邕在流放地心怀怨恨，对朝廷多有诽谤之言；宫里的宦官宠臣更加厌恶忌惮蔡邕。

蔡邕自知回到京城不能幸免于难，索性自我放逐，从此隐居于吴郡、会稽郡等地，生活了十二年。

中平六年（公元189年），汉灵帝去世，少帝刘辩继位；大将军何进征召董卓进京，谋诛宦官，因事情败露，何进被杀，董卓率兵进入京城，专权擅势、把持朝政。

董卓知道蔡邕名气很大，特地征召他入朝任职，蔡邕原本称病不仕，董卓以灭族相胁，蔡邕只好从命，被任命为祭酒。

董卓虽然粗鄙残暴，对蔡邕却很敬重，先后举荐蔡邕为高第，补为侍御史，转任持书御史，又升任尚书。

此后，蔡邕又先后担任巴郡太守、侍中。汉献帝初平元年（公元190年）蔡邕被拜为左中郎将，跟随汉献帝迁都长安，受封为高阳乡侯。

董卓的幕僚部属奉承董卓，把他与姜太公相比，想让朝廷尊其为“尚父”，董卓就此事去问蔡邕，蔡邕表示姜太公有辅周灭商之功，所以特号太公。

董卓现在虽然位高权重，但是比之尚父还有差距。宜待关东平定，陛下返还京都之后再论此事。董卓听从了他的建议。

初平二年（191年）六月，发生地震，董卓去询问蔡邕。蔡邕称地震是阴盛阳衰，臣下不遵循国家礼制引起的。

蔡邕认为董卓在春天郊祀之时，乘坐纹有金龙的金华青盖车架，并不合适。董卓于是改乘皂盖车。

董卓因为欣赏蔡邕的学问，一直对他也礼遇有加，每当举行宴会，都要蔡邕在旁鼓琴助兴。

董卓在政事上刚愎自用，蔡邕提出许多对朝廷有所裨益的谏言，董卓却很少真正采纳。蔡邕见董卓恶行难以匡正，曾对堂弟蔡谷表示，董卓性情刚强又好文过饰非，此人大事难成；

因此一直想要伺机离开，去山东地区暂避。堂弟蔡谷得知他的想法劝阻他，表示蔡邕相貌异于常人，每都到一个地方都要被围观，想要隐匿自己很困难。蔡邕这才打消了要逃走的念头。

初平三年（公元192年），司徒王允与吕布密谋，诛杀董卓；董卓死后，遭夷灭三