他与雨隐村的半藏勾结，挑拨离间，致使其杀害晓组织的领导者弥彦，从而引发长门的黑化与疯狂，自身也遭受重创，晓组织因此堕入黑暗，他的罪责难逃。

在九尾的肆虐与带土的入侵之中，宇智波明明拥有能够操控九尾的写轮眼，他却让其却置身事外，对逝去的生命冷漠以对，事后却反咬一口，指责九尾之乱是木叶宇智波一族的所作所为，加快了政变的步伐。

他将药师兜与药师野乃宇派遣至不同之地担任间谍，两人身心俱疲，最终他竟恩将仇报，设下残忍计谋，令二人自相残杀，野乃宇最终命丧兜手。

最可悲的是，她在生命的最后时刻，竟未意识到杀手正是她曾经最喜爱的一个孩子，只因团藏暗中更换了这些年的照片。

木叶遭受佩恩攻击时，团藏竟杀害了传令的蛤蟆，使得在外修行的鸣人无法赶来支援，他带领根的成员龟缩不出，企图让纲手承担责任，他坐收渔利，

这样的行径连他的部下都无法忍受，而在佩恩入侵之后，团藏却捞得了虚名，即将成为六代火影。